En marge du procès, plusieurs polémiques entourent la toxicité du " fuel n°2 " de l'Erika ainsi que sa nature exacte. Le fuel n°2 est riche en composés toxiques, les HAP (hydrocarbures aromatiques polycycliques) au caractère cancérigène et mutagène. Au lendemain de la catastrophe, s'est posée la question de l'exposition des milliers de bénévoles impliqués dans le nettoyage des plages. Les évaluations ont conclu à un risque négligeable mais des études récentes de chercheurs toulousains font état d'une sous-évaluation probable de ce risque, du fait de la non-prise en compte de plusieurs autres molécules au potentiel génotoxique démontré. Dans le cadre de son intervention, Greenpeace avait équipé ses bénévoles de protections adéquates mais de nombreuses personnes ont travaillé dans l'urgence et la pénurie de dispositifs de sécurité.
En cas de doute pour votre santé, nous vous invitons à contacter l'Association des Bénévoles de l'Erika (ABE) : http://erika.benevoles.free.fr/
Par ailleurs, le laboratoire Analytika qui a analysé en 2000 des échantillons de déchets issus de l'Erika affirme avoir décelé des composés tels que l'ammonium quaternaire, non caractéristiques d'un fuel n°2. Analytika a émis l'hypothèse que Total aurait triché sur son fret, en y ajoutant - ou en dissimulant sous le terme de fuel n°2 - un déchet dangereux (DIS). Une contre-expertise financée par Total a conduit à l'invalidation par la justice de l'hypothèse avancée par Analytika. Celle-ci a néanmoins été creusée plus avant par un troublant " Complément d'enquête " sur France 3 et, si elle devait se confirmer, la nature des charges contre Total serait modifiée. Malgré plusieurs communiqués en réponse à ces attaques, Total n'a pas cherché à poursuivre Analytika en diffamation.
Toutefois, cet aspect de l'affaire Erika devrait demeurer en marge du procès.
Les paquets de mesure Erika ont conduit à planifier la disparition des tankers à simple coque à échéance de 2010-2015. Une amélioration en matière de sécurité maritime que le seul naufrage de l'Erika n'avait pas suffi à imposer et qui fut prise à la suite du désastre du Prestige en Galice. Greenpeace et le Basel Action Network ont néanmoins alerté sur le fardeau que fait porter cette mesure pour l'environnement et la santé des travailleurs de nombreux pays du sud. En effet, elle a été prise sans être accompagnée de la création de capacités de démolition navale adéquates en Union européenne et plusieurs centaines de tankers obsolètes ont pris ou vont prendre le chemin les chantiers du sud-est asiatique. La présence à leur bord de substances toxiques, comme des résidus pétroliers, de l'amiante, des PCB ou des métaux lourds met en péril l'environnement et la santé des travailleurs qui opèrent dans des conditions sociales et sécuritaires minimalistes. Greenpeace a dénoncé cette hypocrisie dans un rapport de décembre 2004, intitulé « Destination inconnue » (voir Destination unknown sur le site www.greenpeaceweb.org/shipbreak) et fait campagne pour améliorer les conditions sanitaires et écologiques des chantiers du sud et obliger les états du Nord à décontaminer les navires avant leur envoi en démantèlement (cf. affaire du Clémenceau). Greenpeace soutient aussi les initiatives de développer des capacités propres de démolition navale au sein de l'UE.
Toutefois, là encore, cet aspect de l'affaire Erika devrait demeurer en marge du procès.